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This is an example showing example shows a sample report table, trial design, and results data of Study #123 dataset for study 123 for the determination of the in vitro genotoxicity potential of 10 tobacco products in using the in vitro Micronucleus Assay
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micronucleus assay.
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The following shows the tabulated data as shown in the report for this study:
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Row | STUDYID | ASSAYID | DOMAIN | TSSEQ | TSGRPID | TSPARMCD | TSPARM | TSVAL | TSVALNF | 1 | 123 | ALL | TS | 1 | GLPTYP | Good Laboratory Practice Type | FDA | 2 | 123 | ALL | TS | 2 | GLPTYP | Good Laboratory Practice Type | OECD | 3 | 123 | ALL | TS | 1 | STSTDTC | Study Start Date | 2022-05-25 | 4 | 123 | ALL | TS | 1 | STITLE | Study Title | Determination of the in vitro genotoxicity potential of 10 tobacco products in both the in vitro Micronucleus Assay and the in vitro Neutral Red Uptake | 5 | 123 | ALL | TS | 1 | SNDIGVER | SEND Implementation Guide Version | TOBACCO IMPLEMENTATION GUIDE VERSION 1.0 | 6 | 123 | ALL | TS | 1 | SNDCTVER | SEND Controlled Terminology Version | SEND Terminology 2021-09-30 | 7 | 123 | ALL | TS | 1 | SSPONSOR | Sponsor Organization | Example Sponsor Inc. | 8 | 123 | ALL | TS | 1 | SPREFID | Sponsor's Study Reference ID | NOT APPLICABLE | 9 | 123 | ALL | TS | 1 | 1 | TSTFNAM | Test Facility Name | Example Tox Lab Name | 10 | 123 | ALL | TS | 1 | 1 | TSTFLOC | Test Facility Location | 10 Somewhere Street, Montgomery, AL 10000 | 11 | 123 | ALL | TS | 1 | 1 | TFCNTRY | Test Facility Country | USA | ... | 123 | ALL | TS | 1 | 1 | STDIR | Study Director | Dr. R. Smith | 123 | ALL | TS | 1 | GLPFL | GLP Flag | Y | 123 | MNvit | TS | 1 | ASTD | Assay Standard | OECD Test No. 487 | 123 | MNvit | TS | 1 | ASTDV | Assay Standard Version | 2016-07-29 | 123 | MNvit | TS | 1 | SSTYP | Study Type | GENOTOXICITY IN VITRO | 123 | MNvit | TS | 1 | SSSTYP | Study Sub Type | In Vitro Micronucleus | 123 | MNvit | TS | 1 | SPECIES | Species | Homo Sapiens | 123 | MNvit | TS | 1 | ?? | Test System? | TK6 Lymphoblastoid Suspension Cells | 123 | NRU | TS | 1 | ASTD | Assay Standard | NIH Publication No. 07-4519 | 123 | NRU | TS | 1 | ASTDV | Assay Standard Version | 2006-11 | 123 | NRU | TS | 1 | SSTYP | Study Type | GENOTOXICITY IN VITRO | 123 | NRU | TS | 1 | SSSTYP | Study Sub Type | In Vitro Neutral Red Uptake | 123 | NRU | TS | 1 | SPECIES | Species | Salmonella enterica | 123 | NRU | TS | 1 | ?? | Test System?? | Normal Human Keratinocyte | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Row | STUDYID | ASSAYID | DOMAIN | SETCD | SET (what sponsor calls it) | TXSEQ | TXPARMCD | TXPARM | TXVAL | 1 | 123 | NRU | TX | 1-1-A(plate-col-row in the 96-well plate) | CSC-10(through SLS-200) | PLATENUM. (e.g., 1 or 2) | 1 | 1 | 2 | 123 | NRU | TX | 1-1-A | CSC-10 | WELLNUM (e.g., 1-A through 10-H) | Number representing the location of the well in the 96-well plate | 1-A | 3 | 123 | NRU | TX | 1-1-A | CSC-10 | INTRVN | name of the intervention article | Cigarette Smoke Condensate | 4 | 123 | NRU | TX | 1-1-A | CSC-10 | ITVTYPE(CT e.g, Product, positive control, negative control) | type of intervention article | PRODUCT | 5 | 123 | NRU | TX | 1-1-A | CSC-10 | ITVCONC | intervention concentration | 10 | 6 | 123 | NRU | TX | 1-1-A | CSC-10 | ITVCONCU | intervention unit | ug/ml | 123 | NRU | 1 | STRAIN | Strain/Substrain | Salmonella enterica enterica | 123 | NRU | 1 | REGIME | Smoking Regime | Traditional combustible | 123 | NRU | 1 | RUN | Assay run number (how is this different from REPNUM) | 1 | 123 | NRU | 1 | PORT | Port ID | 1 | 123 | NRU | 1 | SMPLID | Sample ID | 030001 | 123 | NRU | 1 | SMKFRC | Smoke Fraction | A | 123 | NRU | 1 | REPNUM | Replicate Number | 1 | 11 | 123 | NRU | TX | 1-1-B | CSC-10 | ITVCONC | intervention concentration | 10 | 12 | 123 | NRU | TX | 1-1-B | CSC-10 | ITVCONCU | intervention unit | ug/ml | ... | ... | 123 | NRU | TX | 1-10-H | SLS-10 | PLATENUM | Plate number | 1 | 123 | NRU | TX | 1-10-H | SLS-10 | WELLNUM | Number representing the location of the well in the 96-well plate | 10-H | 123 | NRU | TX | 1-10-H | SLS-10 | INTRVN | name of the intervention article | sodium laurel sulfate | 123 | NRU | TX | 1-10-H | SLS-10 | ITVTYPE | type of intervention article | POSITIVE CONTROL | 123 | NRU | TX | 1-10-H | SLS-10 | ITVCONC | intervention concentration | 200 | 123 | NRU | TX | 1-10-H | SLS-10 | ITVCONCU | intervention unit | ug/ml | ... | ... | 123 | NRU | TX | 2-10-H | SLS-10 | PLATENUM | Plate number | 2 | 123 | NRU | TX | 2-10-H | SLS-10 | WELLNUM | Number representing the location of the well in the 96-well plate | 10-H | 123 | NRU | TX | 2-10-H | SLS-10 | INTRVN | name of the intervention article | sodium laurel sulfate | 123 | NRU | TX | 2-10-H | SLS-10 | ITVTYPE | type of intervention article | POSITIVE CONTROL | 123 | NRU | TX | 2-10-H | SLS-10 | ITVCONC | intervention concentration | 200 | 123 | NRU | TX | 2-10-H | SLS-10 | ITVCONCU | intervention unit | ug/ml | 123 | MNvit | TX | A1 | METACT | Metabolic Activation (should there be two parms? Presence, type)? | +S9 | 123 | MNvit | TX | A1 | TRTDRTRG | Treatment Duration target. (how do we show 3-6 hour range? start/end, target and tolerance?, one text field not-analyzable) | 3 | 123 | MNvit | TX | 123 | MNvit | TX | TRTDRTOL | Treatment Duration Tolerance | 123 | MNvit | TX | TRTDURU | Treatment Duration Unit (this is for both TRTDURT, TRTDURTOL) | H | 123 | MNvit | TX | INTRVN | name of the intervention article | Bleomycin or Cyclophosphamid A | 123 | MNvit | TX | ITVTYPE | type of intervention article | choices of values: product; negative control; positive control | 123 | MNvit | TX | A1 | ITVCONC | Concentration of i a | 0 | 123 | MNvit | TX | A1 | ITVCONCU | Concentration Unit | ug/ml | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Row | STUDYID | ASSAYID | DOMAIN | TXCD | GTSEQ | GTTESTCD | GTTEST | GTCELLEV (cells evaluated) | GTORRES | GTORRESU | GTSTRESC | GTSTRESN | GTSTRESU | GTDTC | GTNOMDY | GTELTM | GTTPTREF | 1 | 123 | NRU | GT | 1-1-A | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 100 | ug/ml | 100 | 100 | ug/ml | 2 | 123 | NRU | GT | 1-1-B | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 107 | ug/ml | 100 | 100 | ug/ml | 3 | 123 | NRU | GT | 1-1-C | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 98.6 | ug/ml | 100 | 100 | ug/ml | 54 | 123 | NRU | GT | 1-1-D | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 94.9 | ug/ml | 100 | 100 | ug/ml | 6 | 123 | NRU | GT | 1-1-E | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 111 | 7 | 123 | NRU | GT | 1-1-F | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 96.9 | 8 | 123 | NRU | GT | 1-1-G | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 105 | 9 | 123 | NRU | GT | 1-1-H | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 95.2 | 10 | 123 | NRU | GT | 1-2-A | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 83.0 | 11 | 123 | NRU | GT | 1-2-B | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 77.7 | ... | ... | 80 | 123 | NRU | GT | 1-10-H | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 0.791 | ... | ... | 160 | 123 | NRU | GT | 2-10-H | 1 | RELABS | Relative Absorbance Reading | 0.780 | 1 | 123 | MNvit | GT | A2 | 1 | RICC | Relative Increase in Cell Count | 134 | 15.7 | % | 15.7 | 15.7 | % | 2022-05-25 | 2 | 123 | MNvit | GT | A2 | 2 | RCC | Relative Cell Count | 134 | 13.0 | % | 13.0 | 13.0 | % | 2022-05-25 | 3 | 123 | MNvit | GT | A2 | 3 | RPD | Relative Population Doubling | 134 | 7.9 | % | 7.9 | 7.9 | % | 2022-05-25 | 4 | 123 | MNvit | GT | A2 | 4 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 3266 | 20 | Cells | 20 | 20 | Cells | 2022-05-25 | 5 | 123 | MNvit | GT | A2 | 5 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 2190 | 17 | Cells | 17 | 17 | Cells | 2022-05-25 | 6 | 123 | MNvit | GT | A2 | 6 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 2758 | 13 | Cells | 13 | 13 | Cells | 2022-05-25 | 7 | 123 | MNvit | GT | A2 | 7 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 2714 | 21 | Cells | 21 | 21 | Cells | 2022-05-25 | 8 | 123 | MNvit | GT | A2 | 8 | AVGREL | Average Relative MN Frequency | 0.66 | % | 0.66 | 0.66 | % | 2022-05-25 | 9 | 123 | MNvit | GT | A1 | 1 | RICC | Relative Increase in Cell Count | 154 | 0 | % | 0 | 0 | % | 2022-05-25 | 10 | 123 | MNvit | GT | A1 | 2 | RCC | Relative Cell Count | 154 | 0 | % | 0 | 0 | % | 2022-05-25 | 11 | 123 | MNvit | GT | A1 | 3 | RPD | Relative Population Doubling | 154 | 0 | % | 0 | 0 | % | 2022-05-25 | 12 | 123 | MNvit | GT | A1 | 4 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 3266 | 15 | Cells | 15 | 15 | Cells | 2022-05-25 | 13 | 123 | MNvit | GT | A1 | 5 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 2190 | 13 | Cells | 13 | 13 | Cells | 2022-05-25 | 14 | 123 | MNvit | GT | A1 | 6 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 2758 | 17 | Cells | 17 | 17 | Cells | 2022-05-25 | 15 | 123 | MNvit | GT | A1 | 7 | MNCELLS | Micronucleated Cells | 2714 | 12 | Cells | 12 | 12 | Cells | 2022-05-25 | 16 | 123 | MNvit | GT | A1 | 8 | AVGREL | Average Relative MN Frequency | 0.57 | % | 0.57 | 0.57 | % | 2022-05-25 |
Below this line are domains we currently do not see a use for
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This example Trial Sets dataset shows information about the test conditions for set A1 and A2 in this example study. Sets A1 and A2 can be seen in the first and second rows respectively of the sample report Table 1 (above). For brevity, the TX dataset and the findings (GT) dataset do not show information for any other sets. Fully formed datasets for this example study would include information about the test conditions and findings for all sets.
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Row | STUDYID | ASSAYID | DOMAIN | ETCD | ELEMENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Row | STUDYID | ASSAYID | DOMAIN | ARMCD | ARM | TAETORD | ETCD | ELEMENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Not needed. | Row | STUDYID | DOMAIN | ENID (Entity ID) | RICC | RCC | RPD | Sum of cell ev. | Cells with MN | SMKFID (Smoke Fraction) | REPLCTID (Replicate Number) | PLATEID (Plate ID) | COLID (Column number) | ROWID (Row number) | SETCD (Set Code, TX) | RFSTDTC | RFENDTC | RFXSTDTC | RFXENDTC | RFCSTDTC | RFCENDTC | ARMCD